隱藏式陰莖是一個很早就被提出、但過去較少被關注的狀況。所謂「隱藏式陰莖」的臨床表現是陰莖大半被埋藏在皮下軟組織內，成年人和兒童的致病原因不太一樣，在成年人主要是由於過度肥胖，在兒童則是由於包皮的發育異常。
正常情況下，陰莖基部會有一圈韌帶延伸到包皮，讓包皮基部能夠貼服陰莖。這個延伸固定發育越完全，包皮與陰莖之間就越密合。相反地，假如這個固定的發育不良，包皮與陰莖之間就會產生程度不一的縫隙。大部分時候這樣的縫隙只是理論上存在，實際上不會真有東西擠到裡面去。但假如縫隙太鬆太大、或小朋友的身材比較胖，皮下脂肪就有可能撐開這個縫隙，使得包皮與陰莖的分離變得明顯：陰莖大半被埋在皮下脂肪層內，從外表只看得到一層空空的包皮。
目前認為兒童的隱藏式陰莖並不影響發育與功能，但可能造成清潔困難及心理陰影，因此還是建議考慮手術治療。大部分的小朋友只需進行類似包皮環切的固定手術就能治癒，但在極少數包皮本身發育不全的案例，有可能需要進行較複雜的皮瓣轉移手術。