教學處
統籌本院與教學醫院評鑑相關之醫學教育訓練業務，推動包括：全院醫事人員畢業前與畢業後之教育訓練相關事務監督、管理、檢查、溝通及輔導工作。
研究處
統籌本院研究相關業務與發展，推動包括：院內外研究計畫之徵求、媒合、促成及後續學術論文之產出，落實研究、研發合作實質工作之推展，促進國際研究、研發合作及交流。
教師培育中心
統籌本院與醫學教育相關之教師培育工作與發展，推動包括：規劃教師培育方針與發展計畫、執行教師培育計畫、評估教師培育執行成效、檢討改善教師培育方針與發展計畫。
實證醫學中心
推動本院實證醫學相關業務，推動包括：改善臨床照護品質、協助管理決策、促進臨床研究發展、提升醫學教育效果。
中大聯新慢病研究中心
設計產官學研合作平台，引進外部資源，整合基礎生命科學，臨床醫學，醫學工程，數據分析，開發預防與精準醫學新知與技術，提升中央大學學術、社會影響力與本院醫療照護品質。
品管處
籌劃與推動院內醫療品質與病人安全管理的工作，包括:整體品質保證系統的設計與規劃、病人安全系統維護與改善追蹤、品質指標系統監測與改善追蹤、病人安全與品質相關教育訓練活動、院內外品質獎項參賽規劃與輔導及統籌醫院評鑑業務規劃與協調追蹤。
臨床試驗暨產創中心
橋接生醫產業合作，推展臨床試驗合作，專利創價及產品及服務商轉，培育產業化專才。